Наблюдается четко выраженная тенденция уменьшения обилия зоопланктеров с увеличением глубины,что характерно для всех глубоководных водоемов. Аналогичная картина имеет место и при рассмотрении динамики показателей биомассы.Все группы организмов сохраняют такую же тенденцию изменения своих количественных показателей с возрастанием глубины. Если рассматривать картину динамики относительных показателей, то в этом случае наблюдается несколько отличная ситуация (табл. 7). Главное отличие выражается в том, что с возрастанием глубины увеличивается доля каланид и циклопид как по численности, так и в весовом отношении. Как и следовало ожидать, процентное отношение кладоцер и коловраток с глубиной уменьшается. Следует также заметить, что значительное увеличение доли каланид резко возрастает на самых больших глубинах, в частности более 50 м. Циклопиды относительно равномерно распределены по всем исследованным горизонтам толщи воды озера при некотором значительном уменьшении в слое 20-30 м (17% по численности и 9 % по биомассе). Нужно отметить, что доля кладоцер несколько возрастает по численности в слое 15-20 м (т.е. в слое, лежащем непосредственно сразу же под слоем температурного скачка), хотя доля биомассы кладоцер в целом не увеличивается сколько- нибудь отчетливо. Доля коловраток изменяется с глубиной более равномерно и не показывает каких-нибудь значительных колебаний до глубины 30 м, ниже которой их доля в общей численности зоопланктеров снижается почти в 2,5 раза. В отношении биомассы доля коловраток до глубины 20-30 м изменяется слабо, но в более глубоких слоях уменьшается почти в 3 раза. Характер отмеченных изменений вполне соответствует перестройке в видовом составе зоопланктонного сообщества в глубоководных водоемах, которая прежде всего проявляется в увеличении с глубиной количества крупных каланид и прежде всего таких представителей как Limnocalanus и Eutemora .С другой стороны,с глубиной значительно уменьшается (а соответственно и доля в общем составе биомассы) большей части теплолюбивых кладоцер и коловраток,в большом количестве обитающих в поверхностных, значительно прогреваемых горизонтах . Самые низкие показатели численности и биомассы наблюдаются в наиболее глубоководной части водоема (Большое Онего и Центральное Онего), где средняя многолетня численность организмов равняется 3,5 тыс.экз/м³ (Большое Онего) и 6,7 тыс.экз/м³ (Центральное Онего). Биомасса была 0,07 и 0,147 г/м³ соответственно.

   Самые высокие показатели численности организмов отмечены в Южном Онего (27 тыс.экз/м³ ) при биомассе 0,4 г/м³, затем Толвуйском Онего, где значения численности составляют 24,6 тыс.экз/м³, но при несколько меньших значениях, чем в других исследованных района, биомассы организмов (0,19 г/м³ ). В Малом Онего, Кузарандском, Пялемском и Повенецком Онего численность организмов колебалась от 11,6 до 17,4 тыс.экз/м³, а биомасса от 0,21 до 0,24 г/м³ . Относительные величины численности отдельных групп зоопланктона приводятся в таблице 9. Процентное отношение численности кладоцер по районам колеблется от 10% (Толвуйском Онего) до 24% (Малом Онего). В тоже время доля кладоцер в общей биомассе зоопланктона колебалась по районам от 21% (Толвуйском Онего) до 38% (Большое Онего). Значительно больший процент составляют каланиды. Так, их доля в общей численности организмов колебалась от 31% (Повенецкое Онего) до 40,7% (Южное Онего) .В составе биомассы зоопланктона рассматриваемых районов каланиды составляют почти половину,их доля колеблется от 44,3% (Повенецкое Онего) до 59% (Большое Онего). Циклопиды также составляют довольно значительную часть общей численности зоопланктона во всех районах озера. Так, процентное их отношение колеблется от 17,8% (Южное Онего) до 33% (Пвенецкое Онего), однако, их значение в общей биомассе не столь велико, как это наблюдалось и у кладоцер и особенно у каланид. Процентное выражение колеблется от 7,4% (Большое Онего) до 24% (Толвуйском Онего). Коловратки составляют примерно такое же соотношение в общей численности как и циклопиды, их величина в процентном выражении колеблется от 9,4% (Центральное Онего) до 28% (Толвуйском Онего). Однако,доля коловраток в общем составе биомассы во всех районах не превышает 10%.

Показатели численности и биомассы отдельных групп зоопланктона в различные месяцы периода открытой воды имеют заметные отличия. Прежде всего укажем,что наибольшие значения как общей численности и биомассы, так и значения таких же показателей для отделных групп приходятся на июль. В целом же заметно своими показателями выделяются каланиды и в другие летние месяцы также кладоцеры. Отчетливо заметен второй достаточно большой пик численности каланид,который наблюдается в ноябре.Динамика показателей численности всех групп зоопланктона в течение периода открытой воды имеет довольно сходную картину и выражается постепенным повышением значений показателей от начала распаления льда до середины лета (конец июля-август) и постепенным снижением в осенние месяцы..Возможная величина рыбопродукции оценивается средней величиной в 4.3 кг/га, колебания по рыбопромысловым участкам составляет от 1 до 48 кг/га. По данным за 1981-1984 гг. расчетная рыбопродукция планктофагов оценена в среднем 8.0 кг/га. В целом, для всей акватории озера, расчетная потенциальная продукция рыб-планктофагов находится в пределах от 4.3 - до 7.5 тыс.т. Приведенные величины имеют ориентировочный характер и показывают суммарный потенциал рыбопродуктивности по молоди рыб и планктофагов.

Зообентос. В общем составе донной фауны Онежского озера основное место занимают широко распространенные палеарктические виды, а также северные и европейские формы, в меньшей степени - сибирские, еще в меньшей - западноевропейские представители. Из выявленных 547 видов бентических организмов около 25 - 30 % имеют широкое распространение в озере, остальные встречаются реже. Более 80 % от общего числа видов населяют, преимущественно, прибрежную (литоральную) зону, остальные - открытую часть озера (Попченко, Александров, 1983; Слепухина,1975).

Л и т о р а л ь н а я  з о н а охватывает пространство от уреза воды и до нижней границы распространения высшей водной растительности, условно ограниченной 10-метровой изобатой. Площадь литорали - около 1840 км², что составляет примерно 19 % от общей площади водного зеркала озера (Черняева,1973). Биотопы литорали достаточно разнообразны и наиболее характерными являются: заросли макрофитов, гравийно-галечные и песчано-галечные, песчаные, рудоносные пески и глины, заиленные пески, илистые. Видовое разнообразие и количественные показатели развития бентоса на разных грунтах биотопов существенно различается. Для зоны зарослей макрофитов и илистых грунтов характерны высокие количественные показатели биомассы донных организмов и видовое обилие, относительно слабо заселены биотопы рудоносных песков и глины. В целом, для литоральной зоны озера средние значения численности донных организмов составляют 960 экз/м², а биомассы - 1.436 г/м². При этом по биомассе и численности доминируют хирономиды (56-60 %), затем идут моллюски (14 - 9%) и олигохеты (11 - 16%).

Г л у б о к о в о д н а я з о н а занимает около 7852 км² или 81 % от общей площади дна. Это, в основном, открытые районы озера, которые имеют неоднородные донные условия. Для южной части озера,а также отдельных участков центральной и северо-восточной частей, условно ограниченных изобатой 20 метров, характерны песчаные грунты с различной степенью заиления, реже встречаются глины и рудоносные пески. Обычные обитатели данных биотопов - хирономиды, олигохеты, из моллюсков - пизидиум, из ракообразных - пантопорея и рачек Палласа.Дно глубоководной (профундальной) области выстилают коричневые и оливковые грунты, иногда с включением пороховидной руды. Донное сообщество формируют здесь понтопорея (49.5% биомассы), олигохеты (41%) и хирономиды (около 6%). Средневзвешенные (по районам, но без центральной части озера)) величины численности и биомассы равны соответственно 964 экз/м² и 2.204 г/м² .По уровню развития зообентоса Онежское озеро относится к олиготрофному типу, а по качественному составу - к олигохетно-понтопорейному водоему.

Нектобентос. К группе нектобентических организмов Онежского озера относятся, прежде всего, реликтовые рачки - мизис, палласея и гаммаракантус, которые играют большую роль в экосистеме озера и являются важными компонентами питания многих видов рыб.Основу численности и биомассы нектобентоса в озере составляют мизиды.Массовые и ярковыраженные миграции от дна в толщу проявляются у нектобентических рачков в темное время суток. Наиболее значительные горизонтальные перемещения (от дна и до 5-10 м от поверхности) совершают мизиды (особенно молодь). Гаммаракантусы обычно не поднимаются выше 20-метровой изобаты, а миграции рачков палласы ограничены, как правило, изобатой 40-метров. Питание рачков, в частности, мизид, носит хищный характер, пищей им служат организмы зоопланктона - кладоцеры и копеподы. В целом, средневзвешенная численность нектобентических рачков для открытых районов Онежского озера за период 1981-1984 годы составила 73 экз/м², а биомасса - 0.57 г/м² .Количественное развитие кормовой базы рыб Онежского озера потенциально способно обеспечить продуцирование от 7.1 до 10.3 тыс.тонн рыбной продукции. При общем Р/В коэффициенте для рыб 0.26 общая масса рыбы в Онежском озере может быть в пределах 27- 39 тыс.тонн.