Бактериопланктон по акватории Онежского озера распределен неравномерно. Весной максимальная численность превышает минимальную в 8-10 раз, летом и осенью в 2-6 раз. Наименьшее количество бактериопланктона , обнаруженное в поверхностном слое воды, было 80 тыс., максимальное-1070 тыс., а в некоторых губах свыше 2 млн.кл./мл воды.Условия для развития бактериопланктона в прибрежных водах очень разнообразны. Отмечено, что продуктивнее всего юго-восточная и северо-восточная прибрежные зоны,находящиеся под влиянием наиболее крупных притоков.Условия для развития бактериопланктона в центральной водной массе более однородны. Микробиологические исследования показали, что в ней выделяется зона наименьшей численности бактерий, приуроченная к зоне наиболее низких для плеса температур и условно названная нами “холодноводная зона” .Существование холодноводной зоны прослеживается на протяжении всего безледного периода. Местоположение холодноводной зоны в течение безледного периода, как правило, меняется, но численность бактериопланктона у поверхности ее всегда не превышала 200 тыс. (80-200 тыс./мл), за исключением августа 1967 г. (210-370 тыс.), наиболее теплого и продуктивного.С удалением от холодноводной зоны численность бактериопланктона у поверхности возрастает. Осенью перераспределение бактериопланктона очсуществляется антициклональной циркуляцией, возникающей вокруг зоны наиболее теплой воды. В центреантициклональной циркуляции, как правило, обнаруживается наибольшая концентрация бактерий.

Между бактериопланктоном и органическим веществом существует тесная связь. В прибрежных водах, где есть постоянный приток аллохтонного вещества, эта связь носит прямой характер. Коэффициент корреляции между ингредиентами равен +0,74. В центральном районе озера, где постоянного контакта с аллохтонным веществом нет , и поступление органического вещества происходит периодически, с отмиранием фитопланктона между указанными ингредиентами существует обратная зависимость. Коэффициент корреляции в центральных районах озера возрастает от весны к осени от 0,06 до 0,70.

Сезонное развитие бактериопланктона как у поверхности, так и по всей толще воды соответствует сезонным изменениям содержания органического вещества. Отмечена также связь бактериопланктона с численностью фитопланктона в весенне-летний период. Осенью этой связи нет.

Интенсивность процесса нитрификации в Онежском озере также неоднородна. Распределение нитрификационной способности в общих чертах соответствует распределению бактериопланктона.В весенний период, с разделением водного тела озера на теплоактивную (прибрежную) и теплоинертную (глубоководную) области, в прибрежных водах отмечена как высокая численность бактерий, так и повышенная нитрификация , что можно связать с притоком аллохтонной микрофлоры и аллохтонного органического вещества. В теплоинертной области центральной водной массы численность бактерий, особенно в наиболее холодных участках, весьма незначительна и увеличение ее отмечено лишь у границы термобара. Нитрификационная способность, наоборот, в холодной зоне выше, чем у границы термобара. По-видимому, существенную роль в обогащении поверхностных вод нитрификаторами в период весеннего нагревания играет вертикальное перемешивание.В период стратификации нитрификационная способность выше в гиполимнионе (0,10-0,25 мг N /л), в эпилимнионе она обычно до 0,10 мг N /л. Наиболее высокая интенсивность нитрификации (2,0-30,0 мг N /л) отмечена в слое воды, непосредственно соприкасающемся с иловой поверхностью.Осенью нитрификационная способность в прибрежных участках резко снижается. В центральных же районах пелагической области она еще значительная, за исключением зоны наиболее высокой температуры (центра антициклональной циркуляции), где нитрификационная способность в 4-5 раз ниже, чем на периферийных участках центральной водной массы.